Da sempre le lagune sono famose per la ricchezza del pescato, che in alcuni casi è stata la causa di lotte per il suo sfruttamento. Testimonianze storiche relative alla laguna di Lesina, infatti, indicano che già nel medioevo, sotto il regno di Federico II, ricchi feudatari e monaci delle abbazie limitrofe si contendevano i diritti di pesca.

La pesca nella laguna vanta quindi antiche tradizioni e numerosi sono i documenti nei quali vengono riportate informazioni sulla pesca e sugli attrezzi utilizzati.Una relazione redatta dal Nazzani nel 1904, commissionata dal Ministero dell'Economia Nazionale di allora, elenca le specie più rappresentative presenti in laguna, rappresentate principalmente dall'anguilla e dai cefali, citando anche le spigole e le orate tra le specie più frequenti.Nei registri di pesca si ritrovano, negli anni precedenti al 1873, pescate "miracolose" di anguilla, con oltre 1.600 q.li di prodotto, mentre neglianni successivi si sono dimensionate a non oltre i 400 q.li.La composizione attuale del pescato è simile a quella del passato. Particolarmente nota, infatti, è l'anguilla della laguna di Lesina, che viene ricercata nei mercati di tutta Italia, sia viva che marinata, come pure il cefalo mazzone dal quale si produce la tipica bottarga. Altre specie caratteristiche della laguna sono i latterini, la spigola e l'orata.