La laguna di Lesina è situata lungo la costa dell'adriatico. La sua superficie di forma allungata è di 51 Kmq, la lunghezza-raggiunge i 22 km me la larghezza oscilla tra un minimo di 1,3 km ad un massimo di 3 km. Il suo perimetro si sviluppa per circa 50 km, il fondale è melmoso e la profondità media è di circa 1,5 m.

Anche se spesso viene indicata come lago, quella di Lesina è senza ombra di dubbio una laguna.
Le vie di comunicazione con il mare sono due: il canale di Acquarotta ad ovest, lungo circa 2 km e largo da 6 a 10 metri, con una profondità che varia da 1 a 2 metri; il canale Schiapparo ad est, lungo circa 1 km e largo 25 metri, con un aprofondità che varia tra i 2 e i 4 metri. La sua grandezza misurata in km quadrati è pari a 51.36 , misura che risale al 1895, è lunga 24,4 Km, larga 2.4 Km ed ha un perimetro di quasi 50 Km. Divisa in due bacini, quello minore occidentale sul quale si affaccia Lesina e quello orientale, più grande, che prende il nome di Sacca Orientale.
L'origine della laguna di Lesina è molto antica, si pensa si sia formata con l'accumulo di sabbie trasportate delle correnti del mare, che correvano da nord verso sud, le quali incontrando il promontorio del Gargano era obbligate a lasciare il litorale per superarlo, depositando così i sedimenti trasportati.

Non bisogna dimenticare, inoltre l'opera del fiume Fortore, l'antico Frentum di Plinio. Questo fiume, un tempo più ampio ed in parte navigabile, ha variato più volte il suo corso finale e si possono distinguere almeno quattro foci diverse. La più antica è l'attuale canale di Acquarotta dove il Fortore giungeva formando una grande ansa. I suoi traboccamenti e gli affluenti che discendono dal Gargano hanno certamente favorito la formazione lagunare.

La composizione delle sue acque, generalmente è molto simile a quella del mare., anche se subisce notevoli mutamenti, causati dalle piogge e dall'evaporazione estiva. Grazie all'umidità caratteristica del suo ambiente, la laguna di Lesina è considerata molto importante e di particolare pregio naturalistico, in quanto rappresenta l'unico luogo dove vivono specie autoctoni di uccelli migratori. Ne sono state contate 200, di cui 69 legate alla laguna per necessità riproduttive. Simili concentrazioni si possono trovare solo sul delta del Po o in quelli dei grandi fiumi del Nord Africa o del Sud Europa. Sterna gambenere e quella comune, il Gabbiano roseo, il Cavaliere d'Italia, la Garzetta, la Spatola, il Falco di palude, il Fraticello, il Mignattaio, l'Avocetta, il Beccapesci, il Mignattino ed il Martin pescatore. Le altre specie più importanti sono:  il Germano maschio o femmina (a Lesina chiamati capoverde o mallarda), il Moriglione (chiamato caporosso), la Volpòca (a Lesina fiscone), l'Alzavola (detta terzella), la Gallinella, la Gru, l'Airone.