Il nostro viaggio nel tempo inizia circa 160 milioni di anni fa nel periodo Giurassico, quando si sono depositate le rocce più antiche che oggi sono visibili in affioramento.Informazioni su rocce ancora più antiche provengono  da un piccolo affioramento, ormai famoso in tutto il mondo, visibile (ancora per poco) alla Punta delle Pietre Nere nei pressi di Marina di Lesina. La geografia giurassica, o meglio la paleogeografia dell’area in cui si depositavano i sedimenti  era molto diversa da quella attuale. Infatti, non esisteva quasi niente di quello che vediamo attualmente, non c’era la catena appenninica, il Tavoliere delle Puglie, le Murge, la catena dinarica ecc. Tutta l’area oggi occupata dall’Italia meridionale era un susseguirsi di aree di mare poco profondo, in cui si depositavano sabbie e fanghi carbonatici spesso bordati da scogliere coralline, chiamate dai geologi piattaforme carbonatiche.

Oltre alla conformazione geografica completamente differente da quella odierna anche la latitudine e quindi le condizioni climatiche erano molto diverse. Infatti, in alcune zone la presenza di rocce che contengono al loro interno fossili di coralli indicano che questi sono vissuti in un clima tropicale e non sicuramente alle attuali latitudini cui si trova attualmente il lago. Queste condizioni climatiche e paleogeografiche (piattaforme e bacini) persistono per tutto il periodocompreso tra il Giurassico e l’Eocene (da 160 Ma fino a 40 Ma) e solo in parte durante il Miocene (circa 15 Ma).
Col susseguirsi del tempo, migliaia d'anni fa, i detriti trasportati a mare dal Fortore che sfociava nell'Adriatico molto più a sud (o, più correttamente, a oriente) dell'attuale foce, formarono, in contrasto di correnti con il vicino Monte d'Elio, un lungo sbarramento sabbioso che, poco a poco, chiuse una baia marina formando il Lago di Lesina.
Dapprima esso appariva come un episodio isolato in una immensa sequela di paludi, stagni, foreste, canneti che orlavano il Tavoliere verso mare.Poi, nei secoli, scomparvero le vaste paludi d'acqua dolce che si stendevano sulla riva meridionale e a occidente (i corsi d'acqua che le formavano sono stati incanalati e le rive del lago arginate), il Fortore si scelse un'altra foce e delle tre comunicazioni col mare (foce Acquarotta, foce Santandrea e foce Schiapparo) soltanto la prima e l'ultima restarononattive, mentre quella intermedia finì successivamente ( 1892) con l'interrarsi.
Per illustrare la storia geologica di una regione bisogna fare un viaggio indietro nel tempo, per poter ricostruire a ritroso le varie vicissitudini che ha subito durante la sua esistenza. Quello che osserviamo oggi con i nostri occhi girando è il prodotto di tre fasi principali quali la formazione delle rocce che lo costituiscono, il loro sollevamento e il successìvò modellamento superficiale.